Alejandro Jodorowsky Prullansky nasceu no dia 17 de Fevereiro de 1929 em Tocopilla, no Chile. Nascido de um relacionamento abusivo de seus pais, Jodorowsky era rejeitado por sua mãe por ter se originado de uma gravidez após um episódio de violência e estupro de seu pai. Desconectado e isolado de sua família, e também rejeitado pela população local por vir de uma família de judeus estrangeiros - seus pais eram ucranianos, Jodorowsky usou poesia como uma forma de escapar de sua realidade infeliz. 

Em 1947, entrou para a Universidade do Chile, largando os estudos após dois anos. No mesmo ano, começou a escrever peças de teatro e fundou sua própria companhia experimental de teatro chamada Teatro Mímico. Em 1952, sua companhia já tinha cerca de cinquenta membros, mas, apesar disso, sentia que não havia mais nada para ele no Chile. Jodorowsky, então, se mudou para Paris em 1953.

Em Paris, estudou mímica com o ator Étienne Decroux e se juntou ao grupo teatral de Marcel Marceau, grupo com o qual ele foi em turnê mundial. Em seguida, voltou a dirigir peças de teatro. Em 1957, teve sua primeira experiência profissional, dirigindo o curta Les têtes interverties, uma história surreal contada quase toda por meio de mímica. Já em 1960, Jodorowsky se mudou para México, mas ainda visitava Paris ocasionalmente para trabalhos. Em 1962, fundou o movimento surrealista Panic, com Fernando Arrabal e Roland Topor, onde queriam ir além das ideias básicas surrealistas e, também, fazer o uso do absolutismo.

Em 1966, criou a primeira tirinha ligada ao movimento chamada Anibal 5 e, no ano seguinte, dirigiu seu primeiro longa-metragem, Fando e Lis (1968), banido do México após sua exibição no Festival de Acapulco ser recebida com revoltadas pelo conteúdo mostrado no filme. Logo em 1970, Jodorowsky ganhou notoriedade mundial com o seu mais novo filme El Topo, onde cria uma mistura de filme de velho oeste com elementos surreais. 

Por conta de sua rejeição no México com seu primeiro longa, Jodorowsky levou El Topo para os Estados Unidos, onde conseguiu encontrar sucesso em exibições de meia-noite em um cinema em Nova York. Após o empresário de John Lennon, Allen Klein, ficar sabendo do filme, Klein comprou os direitos de exibição e distribuiu o filme por todo país e logo contatou Jodorowsky para produzir o seu próximo filme, A Montanha Sagrada (1973), seu filme mais reconhecido até hoje e o revelando de vez como um distingue autor surrealista. 

Klein exigiu que Jodorowsky dirigisse uma adaptação do livro Story of O (1954) e, após rejeitar a oferta, Klein, que era dono dos direitos dos dois principais filmes de Jodorowsky, El Topo e A Montanha Sagrada, proibiu qualquer exibição dos filmes por mais de trinta anos, o que foi bastante prejudicial para a carreira de Jodorowsky com o passar dos anos.

Em 1975, Jodorowsky foi contratado para fazer a adaptação do livro Duna, de Frank Herbert. Seguindo a adaptação do livro com sua própria visão, um roteiro equivalente a quatorze horas de filme e já tendo gasto 2 milhões de dólares em pré-produção, Jodorowsky encontrou problemas de produção e dificuldade de conseguir o financiamento completo para completar sua visão do filme e, após anos, a produção foi encerrada. Em 2013, foi lançado o documentário Duna, de Jodorowsky, descrevendo toda a jornada da produção até o fracasso e a impossibilidade da realização do filme. 

Em 1980, lançou o seu próximo filme, Tusk, filmado na Índia. Porém, nos anos 80, Jodorowsky fez uma longa pausa em sua carreira cinematográfica e desenvolveu uma forma de terapia pessoal que ele chamou de "psicomagia", combinando ideias da psicologia junguiana e do tarô. Um aspecto essencial da psicomagia eram os "atos", que deviam ser realizados para estabelecer uma solução metafórica para os problemas emocionais de uma pessoa. 

Em 1989, Jodorowsky retornou para a direção e fez apenas mais dois filmes antes de passar mais de duas décadas sem conseguir fazer outro filme. O diretor lançou Santa Sangre (1989) e O Ladrão do Arco-Íris (1990), ambos receberam má recepção da crítica e do público, o último sendo um desastre para Jodorowsky, que não teve a mínima liberdade artística na produção.

Nos próximos vinte e três anos, Jodorowsky não conseguiu fazer mais nenhum filme, devido a dificuldades de conseguir investimentos para suas ideias, incluindo uma sequência para El Topo, além de continuar sendo prejudicado pela proibição da exibição de seus filmes, que só seria libertado novamente em 2006. Durante esse tempo, conseguiu apenas dar algumas palestras e master classes. 

Em 2013, conseguiu dirigir o filme A Dança da Realidade, uma autobiografia de sua vida, com seu filho o interpretando no longa. O filme foi aclamado pela crítica, notando que o trabalho era completamente diferente do resto de sua carreira, com alguns elogiando como o seu trabalho era mais maduro enquanto cineasta. No entanto, apesar de ter sido um total fracasso de bilheteria e o longa ter passado completamente despercebido pelo público, em 2016, Jodorowsky lançou uma sequência para sua autobiografia no cinema, chamada Poesia Sem Fim, também recebido com grande aclamação da crítica. 

Atualmente, aos noventa e um anos de idade, Jodorowsky ainda expressa desejo em completar a sua sequência para El Topo, afirmando que um grupo de produtores havia mostrado interesse em investir e o cineasta estava na espera do financiamento acontecer.

Influenciado por Federico Fellini e Luis Buñuel, Jodorowsky serviu de grande influencia para artistas como David Lynch, Dennis Hopper, Nicolas Winding Refn, Marilyn Manson, entre outros; e seus trabalhos como os filmes El Topo e A Montanha Sagrada são considerados um dos principais trabalhos surrealistas já feitos no cinema.