Michael Haneke nasceu em 23 de março de 1942, em Munique, na Alemanha. Filho do diretor e ator alemão Fritz Haneke e da atriz austríaca Beatrix von Degenschild, cresceu em Wiener Neustadt, na Áustria. A família de sua mãe dirigia um negócio agrícola e Haneke foi criado, principalmente, por uma tia e o contato com seu pai se tornou escasso. 

Durante sua infância, atuava e tocava piano como hobbie. O segundo casamento de sua mãe foi com o compositor Alexander Steinbrecher, que se tornou padrasto de Haneke. Após a morte de Beatrix Degenschild, Steinbrecher conheceu Elisabeth Urbancic, mãe do ator Christoph Waltz, do qual também se tornou padrasto.

Aos 17 anos, Haneke queria abandonar a escola e se tornar ator. Após um exame de admissão malsucedido no Seminário Max Reinhardt, em Viena, onde alguns professores o conheciam, pois sua mãe estava trabalhando no Burgtheater, Haneke continuou na escola e se formou no ensino médio.

Embora tenha desejado seguir a profissão de pianista de concertos, Haneke estudou Filosofia, Psicologia e Artes Cênicas em Viena. Porém, era um aluno sem compromisso com os estudos e frequentemente faltava aulas para assistir filmes no cinema. Haneke abandonou os estudos e foi trabalhar como editor e dramaturgo de televisão na Südwestfunk, em Baden-Baden, na Alemanha, de 1967 a 1971. Nessa mesma época, também fazia trabalhos como crítico de cinema. Em 1974, fez seu primeiro filme na televisão.

No início dos anos 70, estreou como diretor de teatro no Teatro da Cidade de Baden-Baden, com uma peça de Marguerite Duras. Haneke seguiu com produções teatrais em Darmstadt, Düsseldorf, Frankfurt, Stuttgart, Hamburgo, Munique e Viena e, nas décadas posteriores, realizou duas celebradas produções de ópera em Paris e Madri. Isso contribuiu com a oportunidade de fazer filmes para televisão nas próximas décadas, com exibição na Alemanha e na Áustria e quase todos os roteiros escritos por ele.

Haneke fez sua estreia como diretor de cinema em seu primeiro longa metragem, O Sétimo Continente (1989), que conta a história de uma família de classe média austríaca e sua auto-obliteração. O longa foi lançado no Festival de Cannes e foi o início de uma trilogia que tornou o diretor conhecido internacionalmente até meados da década de 90. A trilogia seguiu com os filmes O Vídeo de Benny (1992), que venceu o European Film Academy Critics Award, e 71 Fragmentos de uma Cronologia do Acaso (1994).

Seu próximo filme se tornou um de seus longas mais cultuados. Violência Gratuita (1997) foi exibido em competição pela Palma de Ouro no Festival de Cannes e, em 35 anos, foi o primeiro filme austríaco na competição. Michael Haneke logo passou a ser conhecido por sua visão precisa e não sentimental da sociedade contemporânea, por sua excelente liderança na direção de atores e por suas construções narrativas intransigentes e às vezes perturbadoras. Em conjunto com a constante expansão de seu espectro temático e estilístico, essas características fizeram dele uma figura de destaque no cinema mundial a partir dos próximos anos. 

Código Desconhecido (2000), filme francês estrelado por Juliette Binoche, também entrou em competição no Festival de Cannes pela Palma de Ouro e foi aclamado pela crítica. Seu sétimo filme, A Professora de Piano (2001), foi baseado no romance de mesmo nome de Elfriede Jelinek, também é um filme francês e foi estrelado por Isabelle Huppert. O longa recebeu o Grande Prêmio do Júri e prêmios de Melhor Atriz e Melhor Ator para Isabelle Huppert e Benoit Magimel, respectivamente, no Festival de Cannes em 2001. 

Haneke seguiu com produções francesas com Tempos de Lobo (2003), novamente com a atriz Isabelle Huppert, e seguido pelo longa que o consagrou com o prêmio de Melhor Diretor no Festival de Cannes, Caché (2005), novamente com Juliette Binoche. Em 27 de janeiro de 2006, Haneke apresentou sua primeira produção de ópera na Ópera de Paris com Don Giovanni de Wolfgang Amadeus Mozart. Em 2007, dirigiu um remake de seu próprio filme realizado dez anos antes, em 1997, agora em uma versão americana com Naomi Watts e Tim Roth, Violência Gratuita (2007).

O diretor encontrou ainda mais glória em sua carreira com o filme histórico alemão em preto e branco, A Fita Branca  (2009); que venceu a Palma de Ouro no Festival de Cannes, recebeu o prêmio de Melhor Filme Estrangeiro no Globo de Ouro e foi nomeado na mesma categoria na premiação da Academia do Oscar. Além disso, ganhou dezenas de outros prêmios em premiações europeias. 

Seu próximo filme, o drama francês Amor (2012), com Jean-Louis Trintignant e Emmanuelle Riva, se tornou o filme mais premiado de sua carreira. O longa o consagrou com mais uma Palma de Ouro no Festival de Cannes; César Award de Melhor Filme, Melhor Diretor e Melhor Roteiro; venceu a categoria de Melhor Filme Estrangeiro no Globo de Ouro; recebeu nomeações nas categorias de Melhor Filme, Melhor Diretor e Melhor Roteiro na premiação do Oscar; e ainda venceu dezenas de outros prêmios por todo o mundo.

Em 2012, Haneke foi nomeado pelo presidente francês, François Hollande, com a honra de Cavaleiro da Legião de Honra Francesa por sua contribuição para o cinema independente. Em 2013, realizou mais uma ópera, dessa vez no Teatro Real de Madrid, na Espanha. Em 2017, lançou o seu filme mais recente, a produção francesa Happy End, a qual se reuniu pela terceira vez com a atriz Isabelle Huppert. Além disso, com o filme, entrou mais uma vez em competição pela Palma de Ouro no Festival de Cannes.

Desde 2002, Haneke dirige a Academia de Cinema de Viena e é doutor pela Universidade de Paris VIII (2012) e pela faculdade de teologia da Universidade Karl-Franzens-Graz (2013). 

No geral, os filmes de Michael Haneke são desafios provocativos para o espectador, que dependem fortemente de seus interesses contínuos em espetáculos, semiótica e na mídia. O cineasta se vê como "o último modernista", aderindo a uma rigorosa pureza intelectual e distância incomum entre os autores de hoje. 

?Meus filmes destinam-se a declarações polêmicas contra o cinema americano e seu empoderamento do espectador. Meus filmes são um apelo a um cinema de perguntas insistentes em vez de respostas falsas (porque são entregues rápidas demais), para esclarecer a distância em lugar de violar a proximidade, para provocar e dialogar em vez de consumir e criar consenso.?, afirmou Haneke sobre seus próprios filmes.